| MirGeneDB ID | Xla-Mir-130-P2b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-301-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P2b Cli-Mir-130-P2b Cmi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P2b Eca-Mir-130-P2b Ete-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P2b Hsa-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P2b Lch-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P2b Mdo-Mir-130-P2b Mml-Mir-130-P2b Mmr-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P2b Ocu-Mir-130-P2b Pab-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P2b Rno-Mir-130-P2b Sha-Mir-130-P2b Spt-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P2b Xtr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 93401258-93401319 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2b4) |
Mir-130-P1b3
NC_030726.1: 93401048-93401112 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b3 NC_030726.1: 93401257-93401319 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P2b4 NC_030726.1: 93401258-93401319 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAAUUGGAAGCUUGUUCUGCUAAUGUGUGCUCUGACUUUAUUGCACUACUGUACUAUACAGCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAUCUGCUAGCAGAAGAUCCUCACAUAACAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGAAUUGGAAGCUUGU-- AU U C U---| A GUACUA UCUGCUA G GUGCU UGAC UUAUUGCACU CU \ AGACGAU U UACGA ACUG GAUAACGUGA GA U CGAACAAUACACUCCUAGA CG C A UUAU^ C UCGACA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-130-P2b4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUUUAUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-130-P2b4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAU -62
Get sequence
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