| MirGeneDB ID | Sha-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1c Sha-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2b Ami-Mir-130-P2b Bta-Mir-130-P2b Cfa-Mir-130-P2b Cja-Mir-130-P2b Cli-Mir-130-P2b Cmi-Mir-130-P2b Cpi-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P2b Dre-Mir-130-P2b1 Eca-Mir-130-P2b Ete-Mir-130-P2b Gga-Mir-130-P2b Gja-Mir-130-P2b Gmo-Mir-130-P2b1 Hsa-Mir-130-P2b Laf-Mir-130-P2b Lch-Mir-130-P2b Loc-Mir-130-P2b Mal-Mir-130-P2b2 Mdo-Mir-130-P2b Mml-Mir-130-P2b Mmr-Mir-130-P2b Mmu-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P2b Ocu-Mir-130-P2b Pab-Mir-130-P2b Pbv-Mir-130-P2b Rno-Mir-130-P2b Spt-Mir-130-P2b Sto-Mir-130-P2b Tgu-Mir-130-P2b Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P2b4 Xtr-Mir-130-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL856812.1: 2853994-2854055 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2b) |
Mir-130-P1b
GL856812.1: 2852996-2853058 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b GL856812.1: 2853994-2854055 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P3b GL856812.1: 2872514-2872578 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUUUCUUAUGAUAAUACUGCUAACGAAUGCUCUGACUUUAUUGCACUACUGUACUUUACAGCUAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAUCUGAAAGCAGAAUACACAGCAAUAUUUUGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUUUCUUAUGAUAAUA-- AA A C U---| A GUACUU CUGCU CG AUGCU UGAC UUAUUGCACU CU \ GACGA GU UACGA ACUG GAUAACGUGA GA U AGUUUUAUAACGACACAUAA AA C A UUAU^ C UCGACA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-130-P2b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUUUAUUGCACUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-130-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGCAU -62
Get sequence
|
