| MirGeneDB ID | Xla-Mir-130-P1b3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-130a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xla-Mir-130-P1b4 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P2b4 Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Oan-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 93401048-93401112 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b3) |
Mir-130-P1b3
NC_030726.1: 93401048-93401112 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b3 NC_030726.1: 93401257-93401319 [+] UCSC Ensembl Mir-130-P2b4 NC_030726.1: 93401258-93401319 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUAGUUUAAUCCUAUGAGCCUGUCCAGUGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGGUCACACACAAAAAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGGGCCACUGACCUCAUUCUUACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACUAGUUUAAUCCUAUGAG--| U U A AGUGGUCAC CCUG CCAGUGCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ GGAC GGUUACGGGAAAA UGUAACGUGA GA A GUCAUUCUUACUCCAGUCACCG^ C U C AAAAAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-130-P1b3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-130-P1b3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -65
Get sequence
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