| MirGeneDB ID | Oan-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1c Oan-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2b Oan-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P1b Ami-Mir-130-P1b Cli-Mir-130-P1b Cmi-Mir-130-P1b Cpi-Mir-130-P1b Dre-Mir-130-P1b1 Gga-Mir-130-P1b Gja-Mir-130-P1b Lch-Mir-130-P1b Loc-Mir-130-P1b Mdo-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1b Pbv-Mir-130-P1b Sha-Mir-130-P1b Spt-Mir-130-P1b Sto-Mir-130-P1b Tgu-Mir-130-P1b Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xtr-Mir-130-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041744.1: 11810731-11810793 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1b) |
Mir-130-P3b
NC_041744.1: 11797223-11797287 [-]
Mir-130-P2b NC_041744.1: 11809710-11809771 [-] Mir-130-P1b NC_041744.1: 11810731-11810793 [-] |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAACAUUUCAUGAGUGGUAUCUGUCUAGUGCCCUUUUUAUGUUGUACUACUAGUGAUCUUGCACAAAAAGCAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAUUGGCCAGUGAUACUGUUCACCUUCCUGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAACAUUUCAUGAGUGGUAU--| U U A AGUGAUCU CUG CUAGUGCCCUUUU AUGUUGUACU CU \ GAC GGUUACGGGAAAA UGUAACGUGA GA U UCCGUCCUUCCACUUGUCAUAGU^ C U C AAAACACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Oan-Mir-130-P1b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUAUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Oan-Mir-130-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0007159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU -63
Get sequence
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