| MirGeneDB ID | Obi-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Obi-Mir-2-o45-v1 Obi-Mir-2-o46-v1 Obi-Mir-2-o47a Obi-Mir-2-o47b Obi-Mir-2-o47c Obi-Mir-2-o47d Obi-Mir-2-o48-v1 Obi-Mir-2-o49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ419829: 51162-51227 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-2-o49
KQ419829: 49553-49612 [-]
Ensembl
Mir-2-o48-v2 KQ419829: 49651-49710 [-] Ensembl Mir-2-o48-v1 KQ419829: 49651-49710 [-] Ensembl Mir-2-o47d KQ419829: 50094-50153 [-] Ensembl Mir-2-o47c KQ419829: 50292-50351 [-] Ensembl Mir-2-o47b KQ419829: 50497-50556 [-] Ensembl Mir-2-o47a KQ419829: 50806-50865 [-] Ensembl Mir-2-o46-v2 KQ419829: 51011-51070 [-] Ensembl Mir-2-o46-v1 KQ419829: 51011-51070 [-] Ensembl Mir-2-P12 KQ419829: 51162-51227 [-] Ensembl Mir-2-o45-v1 KQ419829: 51363-51423 [-] Ensembl Mir-2-o45-v2 KQ419829: 51363-51423 [-] Ensembl Mir-71 KQ419829: 51632-51690 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUGUUUUUGUUUGUCUGCCAUGUCUGUUACUGACCAAGUGGUUGUGAAUGUGCUGCUAAAUUGGACUUUCAUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUAACAUACUUGGUGCUUCAACGCCUUGGAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGUUUUUGUUUGUCU-- U C - -| A CUGCUAAA GCCA GU UGUUACUGA CCAAGU GGUUGUGA UGUG \ UGGU CA ACAAUGACU GGUUCG CCGACACU AUAC U GUAAGGUUCCGCAACUUCG U U A U^ - UUUCAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-2-P12_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGACCAAGUGGUUGUGAAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUA -66
Get sequence
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