| MirGeneDB ID | Pau-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pau-Mir-2-o109 Pau-Mir-2-o110 Pau-Mir-2-o111 Pau-Mir-2-o112 Pau-Mir-2-o113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000510.1: 286403-286457 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-71
NMRA01000510.1: 285249-285308 [+]
Ensembl
Mir-2-o109 NMRA01000510.1: 285572-285637 [+] Ensembl Mir-2-P12 NMRA01000510.1: 286403-286457 [+] Ensembl Mir-2-o110 NMRA01000510.1: 288743-288802 [+] Ensembl Mir-2-o111 NMRA01000510.1: 289683-289744 [+] Ensembl Mir-2-o112 NMRA01000510.1: 290853-290908 [+] Ensembl Mir-2-o113 NMRA01000510.1: 291100-291157 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUGUCCCUGGACAUGAUAGCUUGUUGUAGGUGUCCACCAGGGAGUGAUGUGUUGCUGGUCAUAUCACAGCCUGCUUGGAUAACCUGUAGCCAGUCAUUUUCUGCAGUCUCUCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAUGUCCCUGGACAUGAUA- U - C-| GA UUG GCU GUUGUAGG UGUCCA CAGG GUGAUGUG C UGA CGAUGUCC AUAGGU GUCC CACUAUAC U UCCUCUCUGACGUCUUUUAC C A UC^ GA UGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pau-Mir-2-P12_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUCCACCAGGGAGUGAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pau-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- UAUCACAGCCUGCUUGGAUAACC -55
Get sequence
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