| MirGeneDB ID | Pca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Penis worm (Priapulus caudatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Ava-Mir-71-P20 Ava-Mir-71-P21 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Gsa-Mir-71-o7 Gsa-Mir-71-o8 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pcr-Mir-71-v1 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o5 Sma-Mir-71-o6 Sme-Mir-71-o1a Sme-Mir-71-o1b Sme-Mir-71-o2 Sme-Mir-71-o3 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 Tur-Mir-71-P6a Tur-Mir-71-P6b War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Priapulus_caudatus_gca000485595v2) |
KQ715494.1: 125079-125139 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-2-o141
KQ715494.1: 124073-124133 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o140 KQ715494.1: 124356-124415 [-] UCSC Ensembl Mir-2-o139 KQ715494.1: 124532-124588 [-] UCSC Ensembl Mir-71 KQ715494.1: 125079-125139 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGGUCACGGAGUAAUCGUAUUCAUGUUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUACUUUGUACAAACCAUCUCACUACUUUGUCUGUCAAAAAUGUGAAUUUGGCCUCGACAAAGAAGACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUGGUCACGGAGUAAU- U G-| A U UACUUU CG AUUCAUGUU UGA AGACA GGGUAGUGAGAUG G GU UAAGUGUAA ACU UCUGU UUCAUCACUCUAC U CCAGAAGAAACAGCUCCG U AA^ G - CAAACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pca-Mir-71_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pca-Mir-71_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCUCACUACUUUGUCUGUCAAA -61
Get sequence
|
