| MirGeneDB ID | Pve-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1984 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-1984 Hru-Mir-1984-P1 Lgi-Mir-1984-P1 Lhy-Mir-1984 Mgi-Mir-1984-P1 Npo-Mir-1984 Rph-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gastropoda + Bivalvia + Scaphopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Conchifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr3: 154061325-154061383 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1984-P1) |
Mir-1984-P1
Pve_Chr3: 154061325-154061383 [+]
Ensembl
Mir-1984-P2 Pve_Chr3: 154063438-154063493 [+] Ensembl |
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| Seed | GCCCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACUGGGUACUCUAAGAUAUAAAUUUGCUGUGCCCUAUCCGUCAGUCGCUGUCUAGUUCAGAAAUGCAGUGACUUGCAGCUAGGGUUCAGUGCGUUUGUACAUUACAUCGGUGUAGCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UACUGGGUACUCUAAGA--| U U UCC C CUAGUU UAUAAAU UGCUG GCCCUA GU AGUCGCUGU \ AUGUUUG GUGAC UGGGAU CG UCAGUGACG C CACGAUGUGGCUACAUUAC^ C U CGA U UAAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pve-Mir-1984-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCCUAUCCGUCAGUCGCUGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pve-Mir-1984-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUGACUUGCAGCUAGGGUUCA -59
Get sequence
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