| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1984 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-1984-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-1984 Hru-Mir-1984-P1 Lgi-Mir-1984-P1 Lhy-Mir-1984 Mgi-Mir-1984-P1 Npo-Mir-1984 Pve-Mir-1984-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gastropoda + Bivalvia + Scaphopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Conchifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018530.1: 35728759-35728815 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1984-P1) |
Mir-1984-P2
CM018530.1: 35717317-35717375 [-]
Ensembl
Mir-1984-P1 CM018530.1: 35728759-35728815 [-] Ensembl |
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| Seed | GCCCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAUCAUGGAUGUAUUUUAUUUUGCUCCCUGCCCUAUCCGUCAGUCGCUGCGUAGAAAAAUCGCGGCGACUUUCAGAUUGGCCAUCGGGCAGUAUUAAACAGCUUCUGUACAGACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGAUCAUGGAUGUAUUUUAUUU - U---| CU CGUC UAGA UGCU CCC GCC AUC AGUCGCUGCG \ AUGA GGG CGG UAG UCAGCGGCGC A GCAGACAUGUCUUCGACAAAUU- C CUAC^ U- ACUU UAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Rph-Mir-1984-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCCUAUCCGUCAGUCGCUGCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Rph-Mir-1984-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CGGCGACUUUCAGAUUGGCCAUC -57
Get sequence
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