| MirGeneDB ID | Xla-Mir-2184-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-2184-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cpi-Mir-2184 Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mun-Mir-2184 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 34176601-34176660 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184-P3) |
Mir-132-P2c
NC_030726.1: 34145577-34145645 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1c NC_030726.1: 34151497-34151555 [+] UCSC Ensembl Mir-2184-P3 NC_030726.1: 34176601-34176660 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGGCGGCGGCGGCGACUCUUGCGUCUCGGAACAGUAAGAGAUUAUGUGCUGUGUUAUCAGGCAGCCGGCACAUGGCCUUUUACUGCUCAGAGAGGCAGGAGGAUUCCUCACAGGACUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGGCGGCGGCGGCGAC--| G G A AU UGUUAU UCUUGC UCUC GA CAGUAAGAG UAUGUGCUG C AGGACG AGAG CU GUCAUUUUC GUACACGGC A UAUCAGGACACUCCUUAGG^ G A C CG CGACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-2184-P3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGAUUAUGUGCUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-2184-P3_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GCACAUGGCCUUUUACUGCUCA -60
Get sequence
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