| MirGeneDB ID | Loc-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cmi-Mir-2184-v1 Cpi-Mir-2184 Dre-Mir-2184-P1a Dre-Mir-2184-P1b Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mal-Mir-2184-P2 Mun-Mir-2184 Tni-Mir-2184-P1 Xla-Mir-2184-P3 Xla-Mir-2184-P4 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG22: 10129912-10129973 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184) |
Mir-2184
LG22: 10129912-10129973 [+]
Ensembl
Mir-132-P1 LG22: 10133963-10134024 [-] Ensembl Mir-132-P2 LG22: 10135328-10135395 [-] Ensembl |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACAGCAGUGAGACCCUGACCUCCCCCCGAACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGUGGGCACCUCAGGAUCCAGCGCAUAGCCUCUUACAGUGCAGGGAGAAGUGUCACUGGGACACGCCGGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACAGCAGUGAGACCCU - -| C CGA A U UGGGCAC GAC C UC CCC AC GUAAGAG UUAUGUGCUG C CUG G AG GGG UG CAUUCUC GAUACGCGAC U CAGGGCCGCACAGGGUCA U A^ A ACG A C CUAGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-2184_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCUGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-2184_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGCGCAUAGCCUCUUACAGUGCA -62
Get sequence
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