| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2184 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2184 Cmi-Mir-2184-v1 Dre-Mir-2184-P1a Dre-Mir-2184-P1b Gga-Mir-2184 Gmo-Mir-2184 Lch-Mir-2184 Loc-Mir-2184 Mal-Mir-2184-P1 Mal-Mir-2184-P2 Mun-Mir-2184 Tni-Mir-2184-P1 Xla-Mir-2184-P3 Xla-Mir-2184-P4 Xtr-Mir-2184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH585539: 17052-17110 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2184) |
Mir-2184
JH585539: 17052-17110 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1 JH585539: 18764-18822 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2 JH585539: 25130-25197 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCCUCCAACAAGCCCUUGGGUUUCCCCAAACAGUAAGAGUUUAUGUGCGGUGAGAGCUAGAAUCUGCAUGUGGACUCCUACUGCUCCGGGAGGCUGGAAGUACCACAACCCAGGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGCCUCCAACAAGCCC--| G CAAA A UGAGAG UU GGUUUCCC CAGUA GAGUUUAUGUGCGG \ AG UCGGAGGG GUCAU CUCAGGUGUACGUC C CGAGGACCCAACACCAUGA^ G CCUC C UAAGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-2184_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGUAAGAGUUUAUGUGCGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-2184_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGCAUGUGGACUCCUACUGCUCC -59
Get sequence
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