| MirGeneDB ID | Xla-Mir-23-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xla-Mir-23-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-23-P4 Lch-Mir-23-P4 Loc-Mir-23-P4 Sto-Mir-23-P4 Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030730.1: 79670452-79670512 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P4c) |
Mir-27-P4c
NC_030730.1: 79670161-79670223 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P4c NC_030730.1: 79670452-79670512 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUCAUUUUUUUUUACCCUGCAGCUGGUAGGAUUCCUGGCAGAGUGAUUUGGCAAUGUAUGGUACAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAAUCAGUCACAGGUCAAUCGUCCUCCUUUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUCAUUUUUUUUUAC- CA A --| A GGCAAUG CCUG GCUGGU GGA UUCCUGGCAG GUGAUUU U GGAC UGACUA CCU AGGGACCGUU CACUAAA A GAUUUCCUCCUGCUAACU AC A UU^ A ACAUGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-23-P4c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-23-P4c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -61
Get sequence
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