| MirGeneDB ID | Dya-Mir-959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-959 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-959-v1 Dme-Mir-959-v1 Dsi-Mir-959-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2L: 13552286-13552348 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-959-v1) |
Mir-964-v1
2L: 13551083-13551143 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-964-v2 2L: 13551084-13551142 [-] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 13551212-13551277 [-] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 13551941-13552000 [-] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 13552048-13552106 [-] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 13552167-13552226 [-] UCSC Ensembl Mir-959-v1 2L: 13552286-13552348 [-] UCSC Ensembl Mir-959-v2 2L: 13552287-13552347 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dya-Mir-959-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUCAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUAAAUUGAUUUUAACUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGACAAAGACCUUUCCUUGCGGCGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGCUCAAAGAAACUGCAAGGAUCAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUAAAUUGAUUUUAAC- UU -| U GGGU GACCUUUCC UUUG CUAUA UUC UAGUACUC UGACAAA \ AAAC GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUU U CUACUAGGAACGUCAAAG UC A^ U GGCU CCGCGGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-959-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUAGUACUCGGGUUGACAAA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-959-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dya-Mir-959-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAUUGAUUUUAACUUUGUUCUAUAUUCUUAGUACUCGGGUUGACAAAGACCUUUCCUUGCGGCGCCUUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGAAAUAUAGCUCAAAGAAACUGCAAGGAUCAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAAAUUGAUUUUAACU- UU -| U GGGU ACCUUUCC UUG CUAUA UUC UAGUACUC UGACAAAG \ AAC GAUAU AAG AUUAUGGG ACUGUUUC U UACUAGGAACGUCAAAGA UC A^ U GGCU CGCGGCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-959-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGUACUCGGGUUGACAAAGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-959-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUGUCAUCGGGGGUAUUAUGA -61
Get sequence
|
