| MirGeneDB ID | Dya-Mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-964 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-964-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-964 Dmo-Mir-964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2L: 13551084-13551142 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-964-v2) |
Mir-964-v1
2L: 13551083-13551143 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-964-v2 2L: 13551084-13551142 [-] UCSC Ensembl Mir-963 2L: 13551212-13551277 [-] UCSC Ensembl Mir-962 2L: 13551941-13552000 [-] UCSC Ensembl Mir-961 2L: 13552048-13552106 [-] UCSC Ensembl Mir-960 2L: 13552167-13552226 [-] UCSC Ensembl Mir-959-v1 2L: 13552286-13552348 [-] UCSC Ensembl Mir-959-v2 2L: 13552287-13552347 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dya-Mir-964-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCAAUGAAAUCUUGGUCCCACUUGUCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUAUGUAUAUCAUGUAUAAGUUAAGAACCUUUAUUCUAAGACAAUUCGACUACAAAAUCAACUGAAAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCAAUGAAAUCUUG---| CCAC AG UGUAUA GUC UUGUCUUAGAAUAGGGG CUUAACUUA \ CAG AACAGAAUCUUAUUUCC GAAUUGAAU U CAAAAAGUCAACUAAAACAU^ CUU- AA AUGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-964-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAAUAGGGGAGCUUAACUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-964-v2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGUUAAGAACCUUUAUUCUAAG -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dya-Mir-964-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAAUCAAUGAAAUCUUGGUCCCACUUGUCUUAGAAUAGGGGAGCUUAACUUAUGUAUAUCAUGUAUAAGUUAAGAACCUUUAUUCUAAGACAAUUCGACUACAAAAUCAACUGAAAAACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCAAUCAAUGAAAUCUU---| CCAC AG AUGUAUA GGUC UUGUCUUAGAAUAGGGG CUUAACUU \ UCAG AACAGAAUCUUAUUUCC GAAUUGAA U UCAAAAAGUCAACUAAAACA^ CUU- AA UAUGUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dya-Mir-964-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGAAUAGGGGAGCUUAACUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dya-Mir-964-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUUAAGAACCUUUAUUCUAAGA -61
Get sequence
|
