| MirGeneDB ID | Aca-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-130c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-130-P1b Aca-Mir-130-P1c Aca-Mir-130-P2a Aca-Mir-130-P2b Aca-Mir-130-P3a Aca-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-130-P1a Cli-Mir-130-P1a Cmi-Mir-130-P1a Cpi-Mir-130-P1a Dre-Mir-130-P1a1 Dre-Mir-130-P1a2 Gga-Mir-130-P1a Gja-Mir-130-P1a Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Lch-Mir-130-P1a Loc-Mir-130-P1a Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mdo-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1a Oan-Mir-130-P1a Pbv-Mir-130-P1a Sha-Mir-130-P1a Spt-Mir-130-P1a Sto-Mir-130-P1a Tgu-Mir-130-P1a Tni-Mir-130-P1a2 Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xtr-Mir-130-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1201646-1201704 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1a) |
Mir-130-P4a
GL343282.1: 1188362-1188424 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a GL343282.1: 1189904-1189968 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a GL343282.1: 1200201-1200263 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a GL343282.1: 1201646-1201704 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAGACAUUGAGGUCUGUUGCUGUCCGGAGCCCUUUUUCUGUUGUACUACUGGCAAGUAUGAGUAGCAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAUUGGCUGGCAGGCUAAGCUCCUCCUCCCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGACAUUGAGGUCUG--| U A UC A GGCAAG UUGCUG CCGG GCCCUUUU UGUUGUACU CU \ GACGGU GGUU CGGGAAAA AUAACGUGA GA U CAUCCCUCCUCCUCGAAUCG^ C A UU C UGAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-130-P1a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUUCUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-130-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGUGCAAUAUUAAAAGGGCAU -59
Get sequence
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