| MirGeneDB ID | Aga-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-275 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-275 Bge-Mir-275 Csc-Mir-275 Dan-Mir-275 Dlo-Mir-275 Dma-Mir-275 Dme-Mir-275 Dmo-Mir-275 Dpu-Mir-275 Dsi-Mir-275 Dya-Mir-275 Gpa-Mir-275 Hme-Mir-275 Isc-Mir-275 Lpo-Mir-275-P3 Lpo-Mir-275-P4-v1 Lpo-Mir-275-P5 Lpo-Mir-275-P6 Lpo-Mir-275-P7 Tca-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 38099942-38100007 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-275) |
Mir-275
NC_064602.1: 38099942-38100007 [+]
Ensembl
Mir-305 NC_064602.1: 38108889-38108951 [+] Ensembl |
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| Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGAUAGCUGCCUGAGCCGUCUAAUGACACGCGCUAAGCAGGAACCGGGACUUGGUACACAUUCGCUAGCAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGUUAUUCGGCUCACAACCAACUAACCAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGAUAGCUGCCUGAGCC-- U A AG-| A GG UGGUACAC GUC AAUGAC CGCGCUA CAGG ACC GACU A CGG UUAUUG GCGCGAU GUCC UGG CUGA U ACCAACCAAUCAACCAACACU C C GAA^ A A- CGAUCGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-275_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCGCUAAGCAGGAACCGGGACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-275_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCG -66
Get sequence
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