| MirGeneDB ID | Cte-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-87b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Dgr-Mir-87-P1 Dlo-Mir-87-P1 Gsp-Mir-87 Hru-Mir-87-P1 Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Mgi-Mir-87-P1 Ofu-Mir-87-P1 Pau-Mir-87-P1 Pve-Mir-87-P1 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P1 Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P1) |
Mir-87-P2
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-]
Ensembl
Mir-87-P1 CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAACGGUGGAGUGGAAUGUCGCGUGGUGGCGCCUGACACUUUGACUCAAACCUCUUUUCGUGAGUAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAUCUGCGCGACUGCAUUAUCAACUGCCUUAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUAACGGUGGAGUGGAAU--| UG UG C A AA CUUUU GUCGCG G GCGCCUGA ACUUUG CUC ACCU C CAGCGC C UGUGGACU UGAAAC GAG UGGA G CUAUUCCGUCAACUAUUACGU^ GU UA U - -- UGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cte-Mir-87-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGCCUGACACUUUGACUCAAACCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cte-Mir-87-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAU -61
Get sequence
|
