| MirGeneDB ID | Dre-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-23a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-23-P1 Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Dre-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cja-Mir-23-P3 Cmi-Mir-23-P3a Cmi-Mir-23-P3b Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Eca-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Laf-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmr-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Mun-Mir-23-P3e Mun-Mir-23-P3f Neu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pab-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr3: 13406243-13406303 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3) |
Mir-23-P3
chr3: 13406243-13406303 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P3 chr3: 13406464-13406527 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr3: 13412992-13413050 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCCAGACCCUCCUCUUCUGCCGGCCAGGGGAAUUCCUGGCAGAGUGAUUUUUAAACCUAAUGACUGAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAAUGGCUCGUGUGACUCAGAGACACGCCAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAUCCAGACCCUCCUCUUCU - - G-| A UUAAACC GC CG GCCA GGGAAUUCCUGGCAG GUGAUUU \ UG GC CGGU CCUUUAGGGACCGUU CACUAAG U AGACCGCACAGAGACUCAG- U U AA^ A UCAGUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dre-Mir-23-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0031944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAAUUCCUGGCAGAGUGAUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dre-Mir-23-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-23a |
