| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cja-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Eca-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Laf-Mir-875 Mml-Mir-875 Mmr-Mir-875 Mmu-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pab-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 364601425-364601481 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
3: 364601270-364601328 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 3: 364601425-364601481 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUGGAAGAUGUACACAGUUCUGUGGUACAAUACCUCAGUCUUAUCAGGUGUUAAUUAAAAUCACCUGGAAAUGCUGAGGUUGCGUUUCACUGAACUCAGGAGCCUCAAGAGGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAUUGGAAGAUGUACAC--| U U AAU C A UUAAU AGUUC GUGG AC ACCUCAGU UU UCAGGUG \ UCAAG CACU UG UGGAGUCG AA GGUCCAC U ACAGGAGAACUCCGAGGAC^ U U CGU U A UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-875_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0012766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUACCUCAGUCUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-875-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-875_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGGAAAUGCUGAGGUUGCGU -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-875-3p |
