| MirGeneDB ID | Mal-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-30-P1a Mal-Mir-30-P1b Mal-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P2b Mal-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cja-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Eca-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Laf-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmr-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Neu-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pab-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884842.1: 61478-61541 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
KV884842.1: 61478-61541 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a KV884842.1: 61700-61759 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUACAUCCUCUUUGUUCAGACUCAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAAUCAUUUGCAGCAGAGGCUGAGAGAAGGUUGUUUACUUGAACUGGCUGGAAGUGACACUGUGACUUUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUACAUCCUCUUUGUU----| A U U U ACA GUAAUCAU CAG C CAGUUCA GUAAACA CCU CUCAGCU U GUC G GUCAAGU CAUUUGU GGA GAGUCGG U AAUUUCAGUGUCACAGUGAAG^ - - U U AGA AGACGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-30-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-30-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CUGAGAGAAGGUUGUUUACUUG -64
Get sequence
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