| MirGeneDB ID | Oan-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-30b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-30-P1a Oan-Mir-30-P1b Oan-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P2b Oan-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cja-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Eca-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Laf-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmr-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Neu-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pab-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041731.1: 6885357-6885416 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
NC_041731.1: 6885357-6885416 [-]
Mir-30-P1a NC_041731.1: 6889147-6889208 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCCGGCCGGCAAAACCGAGUUCGAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUGACCCACCCAGCGGCUGGGAGGGGGAUGUUUGCUUCAACCGACUUGGAACCGCAGCCGGAAGACCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCCGGCCGGCAAAACC----| U A CAU ACA GUGACC GAGU CG GUU GUAAACAUCCU CUCAGCU C UUCA GC CAA CGUUUGUAGGG GGGUCGG A CCCAGAAGGCCGACGCCAAGG^ - - CUU GGA CGACCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-30-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-30-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGAGGGGGAUGUUUGCUUC -60
Get sequence
|
